Neben seinen 272 Meilen langen Stränden bietet Puerto Rico eine Fülle an natürlichen und wissenschaftlichen Attraktionen. Puerto Rico ist die Heimat von Naturschutzgebieten, von denen viele unter die Schirmherrschaft des The Conservation Trust von Puerto Rico fallen. Der Trust, der 1970 von den Regierungen von Puerto Rico und den Vereinigten Staaten gegründet wurde, schützt und verwaltet 20 natürliche und historische Gebiete im Commonwealth.
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Fast jeder, der die östliche Region von Puerto Rico besucht (und da San Juan hier ist, besuchen viele Leute), besucht auch den 28.000 Morgen großen Regenwald El Yunque, ein UNESCO-Weltbiosphärenreservat und den einzigen Regenwald im US-amerikanischen National Forest System. El Yunque bedeutet "Wald der Wolken" und ist nach dem Taíno-Geist Yuquiyu benannt . Es ist bekannt für seine Artenvielfalt: Es beheimatet 240 Baumarten, von denen 23 nirgendwo anders auf der Welt zu finden sind. Hier schwimmen viele Besucher in den Wasserfällen, wandern, picknicken und campen (mit Genehmigung). Das El Portal Rainforest Center bietet pädagogische Exponate und ein Theater.
In Fajardo, Las Cabezas de San Juan ist ein 316 Hektar großes Naturschutzgebiet mit Mangroven, Lagunen, Klippen und Buchten. Las Cabezas liegt an der Nordostspitze der Insel und bietet einen weiten Blick auf den Atlantik sowie El Faro, einen spanischen Leuchtturm aus dem 19. Jahrhundert, der kürzlich vom Conservation Trust restauriert wurde.
Auch in dieser Region bietet der Piñ- Ones- Wald eine Promenade, die den Besuchern die Richtung zwischen Mangroven und Kiefern vorgibt.
In der nördlichen Region von Puerto Rico ist das Reserva Natural Laguna Tortuguero ein Lagunenreservat, in dem mehrere vom Aussterben bedrohte Arten und tropische Pflanzen leben. Private Touren sind nur nach Vereinbarung möglich. Besucher dieser Region finden auch den 375 Hektar großen Wald Bosque Estatal de Cambalache und den selten besuchten Guajataca-Wald sowie den Parque de las Cavernas del Río Camuy, ein Netzwerk von Höhlen und Dolinen in einem 268 Hektar großen Nationalpark der längsten unterirdischen Flusssysteme der Welt. Das Arecibo-Radioteleskop, das größte Teleskop der Welt, befindet sich in Arecibo. Besucher können die Aussichtsplattform besuchen und mehr durch eine Ausstellung und einen Film vor Ort erfahren.
Die westliche Region von Puerto Rico ist weithin bekannt für ihre Surf- und Strandgebiete (vor allem Boquerón und Rincón ), aber auch der Guanica State Forest, ein trockenes Waldgebiet, das zum UNESCO-Weltbiosphärenreservat erklärt wurde, bietet Wanderwege, Möglichkeiten zum Schwimmen und vieles mehr als 700 Arten von Pflanzen und 135 Arten von Vögeln.
In Utuado in der Zentralregion bietet der 7000 Hektar große Rio Abajo Forest umfangreiche Möglichkeiten zum Wandern und Bergsteigen und umfasst den höchsten Gipfel der Cordillera Central Mountain Range. In der Nähe von Barranquitas befindet sich der einzige vulkanische Graben von Puerto Rico, zusammen mit seinen zwei Flüssen, die in einer Tiefe von fast 200 Metern fließen, am San Cristobal Canyon .
Im südlichen Dorf La Parguera zieht es Besucher in die Bahia Fosforescente, eine der biolumineszenten Buchten von Puerto Rico. Das Wasser in diesen Buchten erstrahlt in einem blaugrünen Licht, das durch ungiftiges einzelliges Plankton erzeugt wird. Es wird angenommen, dass das Licht ein natürliches Abwehrsystem ist, das es dem Plankton ermöglicht, potenzielle Raubtiere abzulenken, indem es appetitlichere Beute beleuchtet. Besucher hier fahren oft Kajak oder schwimmen im Wasser und bewundern die leuchtenden Spuren, die ihre Bewegungen hinterlassen. In dieser Region gibt es auch viele der besten Tauchplätze in Puerto Rico, darunter Black Wall, benannt nach der seltenen schwarzen Koralle und Hai Lite, die reich an Juwelenfischen, Trompetenfischen und Riesenröhrenschwämmen ist. Etwas nördlich von Ponce befindet sich das 7000 Morgen große Naturschutzgebiet Toro Negro Forest mit einem 3.650 Fuß hohen Gipfel (Pico Doña Juana), natürlichen heißen Quellen und den 200 Fuß hohen Wasserfällen Doña Juana.
Die kleineren Inseln von Puerto Rico enthalten auch umfangreiche Naturschutzgebiete. In Culebra umfasst das Culebra Natural Wildlife Refuge, auch Ultima Virgen oder Last Virgin genannt, drei vorgelagerte Inseln sowie Landstriche auf Culebra Island. Die 1480 Morgen sind die Heimat von mehr als 120 Meeresvogel-Brutkolonien. In Culebra befindet sich auch der Flamenco-Strand, der für seinen weichen, weißen Sand bekannt ist. Die kleineren Inseln von Puerto Rico, Mona und Monita, werden oft als Galapagos der Karibik bezeichnet. Diese Inseln sind unberührt von Einwohnern oder Unterkünften und bieten gute Möglichkeiten zum Wandern und Tauchen. Sie beherbergen mehrere Arten gefährdeter Meereslebewesen. Schließlich gibt es auf der Insel Vieques eine weitere, möglicherweise berühmtere, biolumineszierende Bucht, die Mosquito Bay, in der Besucher, die im Wasser schwimmen oder Kajak fahren, sich über das überirdische Leuchten wundern.
